从管理上看，由于重视程度不足、缺少专门的行政管理部门、农村群众环保意识薄弱等情况，农村生活垃圾整个管理和标准体系尚存在各种问题，还需要在一定的时期内不断完善；从技术上看，我国生活垃圾处理技术经过几十年的发展已基本成熟，“户集、村收、镇运、县/市处理”的农村生活垃圾治理模式也基本得到认可，但也有不少地区因各种原因尚未确定合适的技术选型；经费主要包括建设费用和运行费用两部分，这是我国未来相当长一段时间内开展农村生活垃圾治理和保障长效性治理的一个核心问题，尤其是运行经费的保障。
由于我国农村地区面积较广、村庄分布零散、交通条件差、垃圾产量大且极为分散等特点，农村生活垃圾平均收运距离一般比城市地区高出3到8倍，直接推高了农村生活垃圾收运处理的运行成本，另外由于人员素质、技术水平等条件限制，整个收运处理体系中设备设施的维护成本也较高。受限于我国的财税体制，绝大部分乡镇和农村基层政府仅凭自身财力难以开展农村垃圾的有效治理，不少农村地区多将区域内生活垃圾治理寄希望于国家或省市财政支持。经费已经是农村地区生活垃圾长期有效治理的主要限制因素之一，特别是一些已经开展此类工作的地区，由于运行经费的缺乏，已建收运和处理体系难以为继。
